Dấu chân du mục là câu chuyện về những người sinh sống bằng nghề chăn thả gia súc tại vùng đồi cát Ninh Thuận.

Bộ phim xoay quanh ông Mộc và hai đứa cháu hàng ngày vất vả giữa hoang mạc để chăn bò. Cô cháu tên Hoa xinh đẹp, tốt bụng, bị câm từ nhỏ. Cuộc sống tưởng chừng bình yên của họ bị xáo trộn khi Sơn xuất hiện. Anh nhận cha của Hoa là cha nuôi khi họ gặp nhau ở nơi đào vàng. Theo lời di nguyện của cha nuôi, Sơn mang hài cốt của ông về giao lại cho gia đình.

Từ nhỏ Sơn đã xa cha mẹ, sống lang bạt. Vì nghi ngờ anh ăn cắp vàng mà chủ khu đào vàng đã cho đàn em truy sát. Sơn vừa phải trốn tránh bọn xã hội đen vừa bị công an truy đuổi. Trong thời gian lưu lại nhà ông Mộc, Sơn và Hoa yêu nhau. Tuy vậy tình yêu của họ gặp trắc trở vì những lỗi lầm trong quá khứ của Sơn. Hơn thế, bí mật thân phận của anh cũng dần dần được hé lộ trong cuộc truy đuổi sinh tử.